日前，我校豬遺傳改良與養殖技術國家重點實驗室黃路生院士團隊與加州大學伯克利分校等單位合作在《Molecular Biology and Evolution》（IF=16.24）發表題為“Human-mediated admixture and selection shape the diversity on the modern swine (Sus scrofa) Y chromosomes”的研究論文，系統闡述了人類介導的滲入和選擇塑造現代家豬Y染色體的多樣性以及從父系遺傳角度揭示豬的演化歷史。黃路生院士、學校首席教授艾華水研究員和加州大學伯克利分校Rasmus Nielsen教授作為共同通訊作者、2017級博士研究生張明鵬為共同第一作者，江西農業大學作為第一通訊作者單位。
豬（Sus scrofa）是給人類提供動物蛋白的最重要來源之一，也是人類疾病研究的重要生物醫學模型之一。由于豬在經濟和科學研究上的重要性，人們對現代家豬的起源、進化、馴化和選擇等重要基礎科學問題非常關注。Y染色體多樣性的維持及其進化是全球研究的熱點，這一方面是因為Y染色體是父系單拷貝遺傳且缺乏重組，同時更重要的是Y染色體不斷在丟失基因并具有逐漸縮短的趨勢。
黃路生院士團隊對來自9個亞歐品種的80頭代表性家豬個體進行了高深度重測序。結合團隊之前發表的測序數據及公共可用數據，總共獲取了一個包括27個品種205個個體的高質量數據集。在其中103頭公豬中共鑒定出了42,288個可靠的Y染色體單核苷酸多態位點（SNPs），其中96.1%是新檢測到的。這些高質量SNPs成為從Y染色體遺傳的角度重新闡明豬進化歷史的基礎。
黃路生院士及其團隊在研究的亞歐豬群體中發現了兩個高度分化的Y染色體單倍型群：一個只存在于亞洲豬群中，另一個則存在于全部歐洲豬群中和部分亞洲豬群中。他們還發現了過去200年間家豬從歐洲到亞洲的三次獨立滲透事件的群體遺傳學證據，并與歷史記載相互印證。此外，相對于常染色體，歐洲血統的Y染色體在部分中國豬種中處于一種過量富集狀態，這一結果不能僅用性別偏倚滲入和遺傳漂移來解釋。基于團隊花費12年時間構建的嵌合家系群體，黃路生院士團隊發現歐洲Y單倍型與脂肪沉積性狀存在顯著負相關，基于上述結果，團隊假設：中國豬群中歐洲Y染色體頻率的增加是由人工選擇造成的。另外，研究團隊還檢測到了蘇門答臘野豬和亞洲野豬之間的Y染色體基因交流的證據。
上述新發現從父系遺傳的角度完善了豬的群體演化歷史，尤其是對現代家豬Y染色體的多樣性研究具有重要意義。
ttps://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab230/6337983
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