學院科研實力雄厚，成果豐碩。自2010年以來，學院主持承擔了國家863、國家973、國家現代農業產業技術體系崗位專家專項、國家公益性行業科研專項、國際合作重點項目、國家農業科技成果轉化資金專項、國家重大科技專項、國家杰出青年科學基金、國家自然科學重點基金、國家自然科學面上項目等各類科研項目460余項，累計到賬研究經費達4億元。在國家級學術期刊上發表論文2600余篇，其中SCI收錄360余篇，出版教材、專著40余部，獲得專利30余項。2004年以來，科研成果獲國家及省部級各級獎勵18項。
| 序號 | 成果名稱 | 主持人 | 獲獎名稱 | 獲獎年份 |
| 1 | 仔豬斷奶前腹瀉抗病育種技術的創建及應用 | 黃路生 | 國家技術發明獎二等獎 | 2010 |
| 2 | 豬重要經濟性狀功能基因的分離、克隆及應用研究 | 黃路生 | 國家科技進步獎二等獎 | 2005 |
| 3 | 畜禽飼料中大豆蛋白源抗營養因子研究與應用 | 游金明（參與） | 國家科技進步獎二等獎 | 2015 |
| 4 | 警犬良種保純與高效繁育關鍵技術研究與推廣應用 | 麻駿武（參與） | 國家科技進步獎二等獎 | 2015 |
| 5 | 家豬復雜性狀的遺傳解析 | 黃路生 | 江西省自然科學獎一等獎 | 2009 |
| 6 | 仔豬斷奶前腹瀉抗病育種技術的創建及應用 | 黃路生 | 江西省技術發明獎一等獎 | 2010 |
| 7 | 豬重要經濟性狀功能基因的分離、克隆及應用研究 | 黃路生 | 江西省科技進步獎一等獎 | 2004 |
| 8 | 仔豬腸道屏障功能及機體免疫調控關鍵技術研發與應用 | 游金明 | 江西省科技進步獎一等獎 | 2021 |
| 9 | 蜜蜂生物學理論中若干問題研究 | 曾志將 | 江西省自然科學獎二等獎 | 2018 |
| 10 | 蜜蜂仿生免移蟲產漿和育王新技術 | 曾志將 | 江西省技術發明獎二等獎 | 2016 |
| 11 | 蜜蜂高效養殖及其產品研究與應用 | 曾志將 | 江西省科技進步獎二等獎 | 2012 |
| 12 | 胚胎移植與性別控制技術的優化及基在優質奶、肉年高效生產中的應用 | 黃路生 | 江西省科技進步獎二等獎 | 2007 |
| 13 | 蛋雞脂肪肝出血綜合征發病機制及其防控研究 | 胡國良 | 江西省自然科學獎三等獎 | 2012 |
| 14 | 蜜蜂性比及營養雜交生物學特性研究 | 曾志將 | 江西省自然科學獎三等獎 | 2007 |
| 15 | 雞法氏囊及基三肽囊素（Barsin）免疫生物學的研究 | 諶南輝 | 江西省自然科學獎三等獎 | 2006 |
| 16 | 黑尾近紅鲌規模化育苗與健康養殖技術研究示范 | 周秋白 | 江西省科技進步獎三等獎 | 2015 |
| 17 | 大白豬抗應激高產仔綜合性能評估與選育技術研究 | 蘭旅濤 | 江西省科技進步獎三等獎 | 2008 |
| 18 | 泰和烏骨雞綠色預混料配制技術的研究與應用 | 瞿明仁 | 江西省科技進步獎三等獎 | 2005 |
